Gli studi pedagogici del nostro Ateneo si sono caratterizzati, fin dal secondo Ottocento, per una marcata attenzione alla storia dell'educazione; un’attenzione già presente in Everardo Micheli, titolare dal 1876 al 1881 della prima "cattedra autonoma" di pedagogia, e poi ampiamente manifestata dal suo successore, Romeo Taverni. Questi esplicitava nel 1886 il suo interesse per la raccolta della documentazione sulla "storia della scuola presso noi" tanto da affermare che in Italia "tutti i lavori del genere (...) hanno avuto in Padova un precorrimento per nostra diligenza".
L'impegno scientifico avviato da quei primi docenti si è poi consolidato e ampliato nel tempo grazie al contributo di illustri studiosi: Giuseppe Flores d’Arcais, Anna Maria Bernardinis, Mirella Chiaranda, Diega Orlando Cian, Francesco De Vivo, tanto che proprio a Padova per la prima volta in Italia venne istituito l'insegnamento di Storia della scuola e delle istituzioni educative, una disciplina allora nuova nel panorama accademico nazionale, ma oggi tanto affermata da essere presente in tutti i corsi di laurea di Scienze della Formazione primaria.
È proprio all’interno di questa tradizione che Patrizia Zamperlin formulò nel 1989 l’ipotesi di un museo capace di tutelare quella documentazione che le scuole di ogni ordine e grado destinavano periodicamente alla distruzione e al macero. Tutelare quel patrimonio fatto di registri e prove d'esame, libri e carte geografiche, apparecchi scientifici e tavole illustrate, solidi geometrici e attrezzi ginnici, si poneva infatti come condizione necessaria per qualunque indagine sulla scuola in azione.
All’inizio degli anni ’90 iniziò così la raccolta, prima occasionale, poi più sistematica, di questo patrimonio proveniente dalle scuole. Questo impegno iniziale, arricchito dallo studio e dal confronto con quanto realizzato in altri paesi europei, soprattutto in Francia e in Germania, è andato poi ampliandosi fino ad aprirsi a tutte quelle istituzioni (famiglia, chiesa, associazioni…) e a tutti quei momenti (gioco, tempo libero, sport…) che concorrono alla formazione dell'individuo nell'arco di tempo che va dalla nascita all'ingresso nella vita adulta. In altre parole quello che inizialmente era parso configurarsi come il museo della scuola era diventato il Museo dell'Educazione e, grazie al determinante apporto del Centro di Pedagogia dell'Infanzia, venne formalmente costituito nel 1993 dall’allora Dipartimento di Scienze dell'Educazione. A partire dal 1997 al Museo venne assegnata una stanza nello stabile denominato ex-ECA (Ente Comunale di Assistenza) sito all’angolo tra Via degli Obizzi e via S. Martino e Solferino. Tra la fine del 2001 e l’inizio del 2002 fu assegnato al Museo l’intero ultimo piano, dove è stata ricostruita l’aula storica e sviluppato il percorso espositivo.