Carlo Anti, divenuto rettore dell’Università nel 1932, inserì nel suo programma di rinnovamento ed espansione dell’Ateneo patavino anche la costruzione di una sede per la Facoltà di Lettere, il futuro Liviano e al suo interno, all’ultimo piano, volle un apposito spazio per il museo (1937-1939). La progettazione e l’arredo del Liviano furono affidati all’arch. Gio Ponti, il quale operò sempre a stretto contatto con il committente Anti, come dimostrano i documenti d’archivio dell’Università riferiti al cosiddetto IV Consorzio Edilizio ovvero la grande impresa edilizia di rinnovamento dell’Ateneo intrapresa tra il 1932 e il 1943. Questa collaborazione e questo continuo scambio di idee furono particolarmente fecondi per quanto riguarda il museo, nella realizzazione del quale le competenze dell’archeologo/ museologo e dell’architetto si fusero in maniera mirabile dando vita a interni particolarmente suggestivi ed allo stesso tempo funzionali alle collezioni ad essi destinate. L’esempio migliore è il settore dedicato alla gipsoteca dove i richiami classici nell’ambientazione, l’illuminazione e persino i colori usati alle pareti contribuiscono a creare un ambiente di grande fascino e grandiosità pur nelle dimensioni in realtà molto contenute.
A causa dell’inizio della guerra e delle dimissioni di Anti, il museo rimase incompiuto e le collezioni non vennero allestite nei nuovi spazi. Le oggettive difficoltà economiche del secondo dopoguerra e, successivamente, le mutate esigenze didattiche portarono, specialmente nel corso degli anni ’60, ad una profonda revisione degli interni del museo e all’adozione di differenti criteri espositivi.
Solamente alla fine degli anni ’90, a seguito dell’accresciuta domanda di utilizzo didattico delle collezioni e della necessità di adeguamento del contenitore museale alle normative di sicurezza, è stato intrapreso il recupero del progetto originario di Gio Ponti che oggi si può nuovamente ammirare percorrendo le sale del museo.