Le collezioni etnografiche formano il maggior nucleo espositivo del Museo, con raccolte dell'Africa, dell'Asia, dell'Oceania e in piccola parte dell'America. Accanto alle serie etnografiche, esiste una raccolta di oggetti folkloristici, connessi al mondo religioso e rurale europeo e in particolare italiano.

La Collezione Capra, giunta al Museo nel 1928-1829, durante la direzione di Enrico Tedeschi, riveste notevole valore storico-etnografico e comprende oggetti provenienti da Australia, Nuova Guinea e Nuova Zelanda: una serie di scudi in legno dipinti con motivi geometrici, alcune clave piatte, dei bastoni da getto, delle mazze, dei boomerang di forme diverse, dei propulsori ornati di conchiglie, delle asce litiche, dei bastoncini-messaggio, una serie di archi e frecce e altri oggetti tradizionali della cultura maori.

Negli anni 1934-1936 viene acquisita dal Museo la Collezione dell'Arsenale della Marina da Guerra austro-ungarica di Pola. Queste raccolte costituivano un museo dell'Imperial Regia Marina che alla fine della Prima Guerra Mondiale - con l'annessione dell'Istria all'Italia - aveva subito un inevitabile smembramento: in questa occasione la collezione etnografica, comprendente oggetti dell'Oceania e dell'Africa, fu acquista da Raffaello Battaglia, allora direttore dell'Istituto di Antropologia di Padova.

È quasi certo che parte degli oggetti provenienti dall'Oceania siano stati raccolti durante la prima circumnavigazione della Terra compiuta dalla Marina austriaca con la fregata Novara sia per fini commerciali che scientifici. Alla spedizione infatti si unirono scienziati diversi, sotto gli auspici dell'Imperial Accademia delle Scienze di Vienna. La collezione giunta da Pola al Museo di Antropologia di Padova non risulta far parte della lista ufficiale degli oggetti custoditi oggi dal Völkerkunde Museum di Vienna. Appare verosimile l'ipotesi che, accanto alla collezione principale, ne siano state raccolte altre, o che molti oggetti costituissero dei doppioni. Rimane il fatto che i materiali sono in parte simili, o comunque provengono, nella maggioranza dei casi, dalle stesse località dei reperti "ufficiali" (Caroline, Nuova Britannia, Ammiragliato, Salomone, Isole Steward, Nuove Ebridi, Nuova Caledonia, Tonga, Lealtà, Figi, Samoa, Tahiti, Gilbert). Inoltre, negli ultimi decenni dell'Ottocento, altre navi, dopo il Novara, salparono da Trieste o da Pola dirette in Australia o in Polinesia: tra queste la Helgoland, la Saida e la Fasana. Non è dunque da escludere che il Museo dell'Arsenale della Marina austroungarica sia stato arricchito anche da collezioni etnografiche raccolte nel corso di queste spedizioni. A queste è senz’altro da attribuire un certo numero di oggetti della costa africana orientale, da Zanzibar e dal Madagascar.

Dall'India provengono molti oggetti acquisiti, per la maggior parte, da Pierluigi Zampini negli anni ’60. Altri oggetti, invece, appartengono alla Collezione Pullè e risalgono alla fine del 1800. Si tratta di oggetti d'uso comune (teiere, forme per dolciumi, fornelli da pipa), strumenti musicali (flauti, violini, tamburi), giocattoli, ornamenti, maschere sacre e rappresentazioni di divinità. Altro materiale d'uso comune, armi, oggetti legati al culto, strumenti musicali proviene dal Tibet, Myanmar (Birmania), Tailandia e Filippine.
Dal Vicino Oriente (Turchia e Iran prevalentemente) provengono vari oggetti acquisti negli anni ’60 e ’70 da Corrain e Zampini. Si tratta di armi (archi, mazze, spade, asce), scudi, ornamenti, amuleti, piccoli Corani e rosari islamici.

Alla Collezione Pola appartengono anche oggetti provenienti dalle isole maggiori e dalla costa orientale africana: in particolare scudi, armi e armature. Da menzionare per il suo valore è una bellissima barca da pesca araba - quasi un pezzo unico - ad intreccio, con vela e remi. Dall'Africa sud-sahariana provengono armi (clave, lance, giavellotti, sciabole, coltelli da lancio, spade), scudi, strumenti musicali, contenitori per liquidi, ornamenti, esempi di artigianato locale e oggetti d'uso quotidiano.
Altro materiale etnografico, acquistato da Corrain e Zampini, proviene dal continente europeo (in maggioranza dall'Italia). Si tratta di ornamenti, oggetti d'uso domestico, strumenti per la caccia e la pesca, per le attività agricole e artigianali, strumenti musicali, oggetti legati al culto.

Scarsamente rappresentata è l'America, di cui tuttavia si possiede una tunica in pelle, completa di accessori, appartenuta ai Sioux.
Un discorso a parte merita la pregevole collezione di modellini navali, proveniente dal Museo di Pola e che la tradizione vuole fossero esposti nel quadrato di poppa di un incrociatore austriaco. La serie, che rappresenta imbarcazioni diffuse un tempo nell'area che dal Sudest asiatico, si estende alle coste orientali dell'Africa e - a est - giunge sino ai più lontani arcipelaghi melanesiani (Figi) e all'estrema punta dell'America meridionale (Terra del Fuoco).